神戸大学大学院システム情報学研究科 計算科学専攻 協定講座

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第1回協定講座シンポジウム

第1回協定講座シンポジウム
「計算アルゴリズムと化学・生物学の融合」


~御来場頂きありがとうございました~


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当日は、協定先5大学からの18名を含め、57名もの方に御参加頂き、
活発な議論を行うことができました。皆様、ありがとうございました。


日時: 2012年2月17日(金) 14:00~
会場: 神戸大学統合研究拠点 3階
    ポートライナー「京コンピュータ前」駅前
    (神戸市中央区港島南町7-1-48)
    http://www.kobe-u.ac.jp/kuirc/access.htm
参加費: 無料(懇親会会費: 1,000円)

プログラム:

14:00~15:00 今堀 慎治(名古屋大学 大学院工学研究科 計算理工学専攻)
「組合せ最適化とメタ戦略」
15:10~16:10 前田 理(京都大学 福井謙一記念研究センター)
「量子化学計算に基づく化学反応経路の自動探索:化学における多変数問題」
16:20~17:20 岸 亮平(大阪大学 大学院基礎工学研究科 物質創成専攻)
「量子マスター方程式動力学法による分子系の時空間電子ダイナミクス」
17:30~18:30 寺田 智樹(名古屋大学 大学院工学研究科 計算理工学専攻)
「二重最適化問題としての蛋白質フォールディングとその進化」

18:30~ ポスターセッション

「理論研究に基づくナイロンオリゴマー分解酵素に対するアミノ酸変異の効果についての研究」
 ○馬場剛史(兵庫県立大院生命),神谷克政(筑波大院数理),松井亨(阪大院理),根来誠司(兵庫県立大院工),重田育照(阪大院基礎工)

「アミノ酸側鎖の酸解離定数の新規算出法と応用」
 ○松井亨(阪大院理), 馬場剛史(阪大院基礎工), 神谷克政(筑波大院数物), 奥村光隆(阪大院理), 重田育照(阪大院基礎工)

「弾性ネットワークモデルによる基準振動モードを取り込んだβ2アドレナリンGPCRのフレキシブルドッキングシミュレーション」
 ○岩本知之(阪大院理)

「Zero-Multipole法によるDNAの分子動力学シミュレーション」
 ○荒川貴将(阪大院理)

「クロム(I)及び鉄(I)-N2錯体の理論的研究 ―異常なスピン多重度とその起源―」
 ○中垣雅之(京大福井謙一研究センター),黒川悠索(QCRI),榊茂好(京大福井謙一研究センター)

「``Low-barrier hydrogen bond'' in photoactive yellow protein」
 ○斉藤圭亮(京大生命科学系キャリアパス形成ユニット),石北央(京大生命科学系キャリアパス形成ユニット)

「ブロックQR分解アルゴリズムの性能最適化」
 ○深谷猛(名古屋大学院工)

「大規模並列計算を考慮した減速Jacobi型前処理の有効性」
 ○今倉暁(筑波大計算科学研究センター)

「ある在庫管理問題に対する分枝限定法の高速化」
 ○大掛宗利(神戸大工)

「BBM方程式の幾何学的解釈とCE/SE法の適用」
 ○北祐樹(神戸大工)

「CPU--GPUハイブリッド環境における特異値分解の高速化」
 ○橋本拓也(神戸大工)

「Parareal Algorithmの数値的評価とNewton法への応用」
 ○若林岳人(神戸大工)

「QM/MM MDを用いたタンパク質の電子物性に関する研究」
 ○北川裕也(神戸大システム情報)

「フラグメント分子軌道法を用いたインフルエンザHAタンパク質の変異予測」
 ○吉岡彬生(神戸大システム情報),田中成典(神戸大システム情報)


 神戸大学大学院システム情報学研究科協定講座は、京都大学・大阪大学・奈良先端科学技術大学院大学・筑波大学・名古屋大学の5大学との連携によって構成された組織です。
 本シンポジウムでは、化学反応や生命現象に対して計算科学の立場からどのようにアプローチしていくかをテーマにして議論をして行きます。分野の異なる先生方(メタ・ヒューリスティクス、化学反応ポテンシャル曲面、タンパク質フォールディング)に基礎から講演をして頂くことで、分野間の接点の模索およびより深い現象の理解へ発展させることを目差します。
 若手研究員や大学院生に幅広く参加して頂けるよう、ポスター発表を設けております。
 みなさまの積極的なご参加と活発な議論をお待ちしております。




Cooperative Division, Department of Computational Science, Graduate School of System Informatics, Kobe University